Манхэттен живет привычной жизнью. По улицам бродят пешеходы и кусают соседей, а сам остров подвергнут железобетонной блокаде и полностью отдан в руки Мерсеру. Prototype несколько похож на Spiderman: Web of Shadows, но явно выигрывает в плане акробатики.
